加工貿(mào)易企業(yè)要內(nèi)銷最好采取集中內(nèi)銷補(bǔ)稅的方法，因?yàn)閭鹘y(tǒng)的先補(bǔ)稅再內(nèi)銷的做法存在兩個(gè)硬傷，第一是由于內(nèi)銷計(jì)劃或生產(chǎn)計(jì)劃的變動(dòng)，補(bǔ)稅的數(shù)量和實(shí)際內(nèi)銷數(shù)量不一致；第二是每次要辦理內(nèi)銷補(bǔ)稅手續(xù)，如果有緊急的內(nèi)銷訂單或需求是無法及時(shí)對應(yīng)的。
使用加工貿(mào)易電子賬冊的企業(yè)和特殊監(jiān)管區(qū)域內(nèi)的企業(yè)無需申請就有集中內(nèi)銷補(bǔ)稅的資格，而使用加工貿(mào)易電子手冊的企業(yè)則需要向主管海關(guān)提交《集中辦理內(nèi)銷納稅手續(xù)情況表》，獲批集中內(nèi)銷補(bǔ)稅資格。
企業(yè)可以先行內(nèi)銷，在當(dāng)月末之前向海關(guān)集中辦理內(nèi)銷補(bǔ)稅手續(xù)，并且不得超過手冊有效期或賬冊核銷周期。2020年7月后，由于疫情的影響，海關(guān)將集中內(nèi)銷補(bǔ)稅期限放寬到按季度申報(bào)納稅不得跨年操作，企業(yè)需在每年4月15日、7月15日、10月15日、12月31日前進(jìn)行申報(bào)。
每季度結(jié)束后有15個(gè)工作日讓企業(yè)有充裕的時(shí)間辦理內(nèi)銷補(bǔ)稅手續(xù)，有內(nèi)銷業(yè)務(wù)的加工貿(mào)易企業(yè)平時(shí)也需要管理好內(nèi)銷記錄，及時(shí)總結(jié)核算，在申報(bào)期限前向海關(guān)提出準(zhǔn)確的內(nèi)銷申報(bào)數(shù)據(jù)。
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